Der Ortsteil ist erstmals 1093 als Harthausen überliefert. Der Name mit der Endung -hausen legt eine Entstehung der Siedlung im 9. oder 10. Jahrhundert nahe und bedeutet "Siedlung im oder am Wald".
Seit dem Hochmittelalter ist der Ortsteil als Pfarrort genannt, der eine Kirche zu "St. Peter und Paul" hatte, in welche mehrere Nachbarorte eingepfarrt waren. "Wegen Misswuchs, Unglücks und Missgeschicks an Häusern und Leuten" wurde die Pfarrei immer kleiner und schließlich im 15. Jahrhundert aufgelöst.
Harthausen erscheint schon 1148 in der Bulle von Papst Eugen III. unter den Widumsgütern des Klosters Wiblingen. Die Kirche in Harthausen blieb bis 1826 als Kapelle erhalten.